Gaziantep doğumlu olan Mehmet Kalyoncu, ilkoul ve ortaokulu İstanbul’da okudu. Lise eğitimini Ümraniye Anadolu Lisesi’nde tamamladı. Lise yıllarında Oxford Üniversitesi St Hugh’s College tarafından düzenlenen akademik programa kabul edilen ilk Türk Öğrenci oldu. Bu dönemde Rönesans Mimarisi ile ilgili akademik araştırmalarda bulundu. İstanbul Teknik Üniversitesi Mimarlık Bölümü’nden mezun olan Mehmet Kalyoncu Architectural Association ve Illinois Institute of Technology üniversitelerinde ziyaretçi öğrenci olarak eğitim gördü. Üniversite yıllarından mimari ofislerde ve inşaat firmalarında staj yaptı aynı zamanda çeşitli sivil toplum kuruluşlarında gönüllü çalışmalarda bulundu. Mezun olduktan sonra Kalyon Grubu’nun iştiraklerinde farklı kademelerde çalışan Mehmet Kalyoncu akademik gelişimini sürdürmek için Harvard Üniversitesi’nde Müzakere Babson College’da Girişimcilik ve Tuft Üniversitesi’nde Kurumsal Diplomasi programlarını tamamladı. Şu anda Kalyon Grubu’unda Yönetim Kurulu Üyesi ve İstanbul Yeni Havalimanı projesinde İcra Kurulu Üyeliği yapmaktadır, Erdem Kolejleri ve Hasan Kalyoncu Üniversitesi’nin kurucu vakfı olan Gaziantep Eğitim ve Hizmet Vakfı’nın da Mütevelli Heyeti Üyesidir. Mehmet Kalyoncu ileri derecede piyano çalmakta, bu kapsamda London College of Music sertifikasına sahiptir.